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Aunque los interrogantes y versiones sobre la filiación del libertador datan de tiempo atrás, se hicieron públicos el  año 2000, al trascender un manuscrito de 1877 que guardaba el genealogista Diego Herrera Vegas: allí Joaquina, hija de Carlos de Alvear, afirma que San Martín era hijo natural de su abuelo Diego de Alvear y una joven indígena.

H Ch planteó el tema en su  ponencia al II Congreso Internacional Sanmartiniano  (ver) y en diversas publicaciones . A la vez, la cuestión resaltaba en la novelada Don José , de JI García Hamilton, que suscitó estridentes reacciones.

H Ch y Herrera Vegas acudieron a la Comisión de Cultura del Senado de la Nación con los testimonios del caso, proponiendo un estudio de ADN para aclarar la verdad histórica. El Instituto Sanmartiniano y la Academia Nacional de la Historia se opusieron, y el presidente De la Rúa se manifestó en el mismo sentido.

 Los historiadores allegados al Instituto Sanmartiniano intentaron descalificar el testimonio de Joaquina de Alvear y repitieron a coro afirmaciones erróneas que fueron contestadas en varios medios de prensa (ver, por ejemplo, Notas de una polémica).

En 2001 H Ch  publicó El secreto de Yapeyú  fundando la tesis. Jorge EI de Alvear, descendiente de Diego de Alvear, depositó una muestra de sangre en el Banco Nacional de Datos Genéticos para comparar su ADN con el de San Martín. 

 Según la tradición de la región misionera, la madre de San Martín fue Rosa Guarú o Cristaldo. Sus descendientes en Corrientes también han colaborado en la investigación.

Por iniciativa de la diputada Araceli Méndez de Ferreyra y otros legisladores, en 2006 la Cámara de Diputados de la Nación, teniendo en cuenta los aportes documentales antes indicados, declaró de interés parlamentario determinar la verdad histórica respecto al origen mestizo de San Martín y lo comunicó al Poder Ejecutivo a los efectos de facilitar la investigación correspondiente.   

El mismo año 2006 se solicitó a la Secretaría de Cultura de la Nación que autorizara un estudio de las huellas genéticas del general San Martín para establecer su verdadera filiación, con la firma de historiadores y docentes del Grupo Lautaro, miembros de las familias Alvear y Cristaldo y unas 800 adherencias. En las actuaciones subsiguientes el Instituto Sanmartiniano se opuso, y la asesoría legal de la Secretaría de Cultura consideró que esta repartición no era competente para resolverlo.

En 2007 se editó  El manuscrito de Joaquina , un texto donde H Ch y Herrera Vegas transcribieron y comentaron el documento de referencia. El libro fue presentado en el Auditorio de la Cámara de Diputados de la Nación en 2008, por iniciativa del diputado Dr. Eduardo L. Galantini, con el auspicio de la Casa de Corrientes en Buenos Aires. 

Solicitada en 2008 la intervención de la Defensoría del Pueblo de la Nación, ésta requirió una serie de actuaciones para ampliar la información, pero ante la oposición del Instituto Sanmartiniano no dictaminó sobre el caso. 

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El documental  mestizo. San Martín y la identidad americana, realizado por el grupo “NuestraAmérica Profunda” con la dirección de Diego Romero y Soledad Betendorff y guión de Hugo Chumbita, fue declarado de interés de la Cámara de Diputados de la Nación en 2009 y está disponible en Internet.

 En agosto de 2012 ingresó en la Cámara de Diputados de la Nación el proyecto de ley “Identidad de San Martín”, basado en los trabajos de H Ch, para realizar los estudios genéticos que permitan establecer la filiación auténtica del libertador.

Esta iniciativa de la diputada Dra. María Elena Chieno, suscripta por los legisladores Raúl E. Barrandeguy, María del Carmen Bianchi, Mara Brawer, Guillermo R. Carmona, Víctor De Gennaro, Araceli Ferreyra, Miriam G. Gallardo, Carmen R. Nebreda, Mario Oporto, Ana María Perroni, Adriana Puiggrós, Héctor Recalde, R. Fabián Ríos, Liliana Ríos y Felipe Solá, no llegó a tratarse en la Cámara.

 Mural de Rosa Guarú con el niño José, en el Museo Sanmartiniano de Corrientes