Aunque los interrogantes y versiones sobre la filiación de José de San Martín datan de mucho tiempo atrás, se hicieron públicos el año del Sesquicentenario de su muerte (2000), al trascender un antiguo manuscrito que guardaba el genealogista Diego Herrera Vegas, en el cual Joaquina de Alvear afirma que San Martín era hijo natural de Diego de Alvear y una joven indígena.

	Facsímil manuscrito de Joaquina

            H Ch presentó una ponencia al II Congreso Internacional Sanmartiniano (ver) y publicó un artículo en el diario Clarín (ver Debates sobre el origen de San Martín). Simultáneamente, esta cuestión resaltaba en la biografía novelada Don José, de José Ignacio García Hamilton, que suscitó furiosas reacciones.

            H Ch y Herrera Vegas acudieron a la Comisión de Cultura del  Senado de la Nación con los testimonios del caso, planteando la posibilidad de un estudio de ADN para aclarar la verdad histórica. El Instituto Sanmartiniano y la Academia Nacional de la Historia se opusieron a revisar el asunto. El presidente De la Rúa se manifestó en el mismo sentido (ver La semana del Sesquicentenario).

            Las evidencias y controversias se difundieron a través de numerosas publicaciones. Al localizar una causa judicial donde Joaquina fue declarada insana, H Ch y Herrera Vegas polemizaron con una historiadora de la Academia Sanmartiniana sobre la veracidad de aquel testimonio (ver Cuatro puntos para el debate).

            El año siguiente se publicó El secreto de Yapeyú fundando la tesis. A pedido de H Ch y por sugerencia de especialistas en la materia, Jorge E. I. de Alvear, descendiente de Diego de Alvear, depositó una muestra de sangre en el Banco Nacional de Datos Genéticos para poder comparar su ADN con el de San Martín.

            En los años siguientes H Ch continuó la búsqueda de la tumba de la presunta madre de San Martín, Rosa Guarú o Cristaldo, viajó a Yapeyú y tomó contacto con sus descendientes, la familia Cristaldo de Corrientes. Una reedición del El secreto de Yapeyú (2005) da cuenta de los avances en la investigación.    

            En 2006 se formó el Grupo Lautaro para impulsar los pasos siguientes y se requirió apoyo a laboratorios universitarios. Por iniciativa de la diputada Araceli Méndez de Ferreira y otros legisladores, la Cámara de Diputados de la Nación declaró de interés parlamentario y recomendó al Poder Ejecutivo facilitar la investigación del origen mestizo de San Martín (ver Resoluciones de la Cámara de Diputados).

            Días después se presentó a la Secretaría de Cultura de la Nación un petitorio para obtener una muestra de los restos de San Martín, firmado por historiadores, docentes y miembros de las familias Alvear y Cristaldo, acompañando alrededor de 800 adhesiones (ver Petición administrativa). En estas actuaciones el Instituto Sanmartiniano se opuso a lo solicitado, y la Secretaría finalmente se declaró incompetente para resolver.

            En diciembre de 2006 H Ch presentó el tema en Corrientes, con más adhesiones y cruces polémicos (ver Presentación en la ciudad de Corrientes).

            En 2007 se edita El manuscrito de Joaquina, donde H Ch y Herrera Vegas transcriben y comentan el documento. El libro fue presentado en el Auditorio de la Cámara de Diputados de la Nación en junio de 2008, por iniciativa del diputado Dr. Eduardo L. Galantini, con el auspicio de la Casa de Corrientes en Buenos Aires.

            El film documental Mestizo. San Martín y la identidad americana, realizado por el grupo “NuestraAmérica Profunda” con la dirección de Diego Romero y Soledad Betendorf sobre un guión de Hugo Chumbita, fue declarado de interés de la Cámara de Diputados de la Nación en 2009 y se ha proyectado en diversos ámbitos públicos, poniéndolo a disposición de las instituciones sociales y culturales interesadas en conocer y debatir el tema.

            A solicitud del Grupo Lautaro, la Defensoría del Pueblo de la Nación tomó intervención en marzo de 2008 a fin de ampliar la información disponible y dictaminar sobre la viabilidad del procedimiento para efectuar el análisis de ADN propuesto.